Spelers kunnen in de tweede Trauma Center opnieuw de rol van hoofdchirurg aannemen om onder hoge druk te opereren in een superspannend avontuur. Waarbij je in het populaire Trauma Center: Under The Knife voor de Nintendo DS de stylus nog gebruikte, bedien je in Trauma Center: Second Opinion voor de Wii de scalpel en andere instrumenten met de bewegingsgevoelige Wii-afstandsbediening. Hierdoor krijgt de speler nog meer het gevoel de complexe en levensreddende operaties ?werkelijk? uit te voeren. Trauma Center: Second Opinion begint in Hope Hospital, waar de beginnende dokter Derek Stiles wordt bijgestaan door de vrouwelijke chirurg Dr. Nozomi Weaver. Derek wordt al snel in het diepe gegooid als hij het moet opnemen tegen de dodelijke ziekte ?GUILT? (Gangliated Utrophin Immuno Latency Toxin), naar alle waarschijnlijkheid ontwikkeld door de terroristische groepering Delphi. Net als bij voorganger Under The Knife, draait alles in Trauma Center, Second Opinion om gevarieerde acties die zo snel en nauwkeurig mogelijk moeten worden uitgevoerd. De puntenscore wordt zowel door de snelheid als de nauwkeurigheid van de speler bepaald, want een werkelijk groot chirurg moet zelfverzekerd en met vaste hand kunnen opereren. In deze versie van het spel worden alle acties bestuurd door levensechte bewegingen te maken met de Wii-afstandsbediening en Nunchuk, waardoor Trauma Center spannender en realistischer is dan ooit tevoren.. De bewegingsgevoelige besturing voegt een heel nieuwe dimensie toe aan Trauma Center: Second Opinion. De speler gebruikt dit keer beide handen; met de Nunchuk kunnen snel en doeltreffend de voorwerpen worden gekozen die met de Wii-afstandsbediening worden gebruikt. Dit werkt bijzonder snel, precies en realistisch. In de loop van het spel kunnen spelers meer dan een dozijn verschillende instrumenten gebruiken door nauwkeurige bewegingen te maken met de Wii-afstandsbediening. Spelers kunnen bijvoorbeeld scalpels, spuiten en pincetten gebruiken, of een defibrillator om de hartslag van de patiënt met een elektrische schok weer op gang te brengen. Spelers kunnen ook de unieke ?Healing Touch? van elk personage gebruiken. Hierdoor wordt de tijd vertraagd zodat Derek razendsnelle chirurgische ingrepen kan maken, terwijl Nozomi patiënten in de vertraagde tijd sneller kan laten genezen. Omdat deze vaardigheid tijdens elke operatie maar één keer gebruikt kan worden, moet de speler goed nadenken wiens kwaliteiten hij het beste kan benutten. Ervaren chirurgen die een nog grotere uitdaging zoeken kunnen elke operatie opnieuw uitvoeren om hun score en beoordeling te verbeteren. Er is ook een geheel nieuw zesde hoofdstuk aan het avontuur toegevoegd, terwijl het moeilijkheidsniveau ?Extreme? zelfs van de beste speler het uiterste zal vergen. Gelukkig kunnen beginnende dokters gewoon het niveau ?Easy? kiezen.